生命情報学講座

生命情報学講座にようこそ!

私達は、ゲノム、遺伝子、およびその産物であるRNA やタンパク質の配列、構造、機能、進化の間の関係を明らかにすることを目標としています。

現在、ヒトをはじめとする多くの生物のゲノム配列が次々と解読されており、未だかつてない大量DNA配列が日常的に産生される時代がごく間近に迫ってきています。また、最近の実験解析技術の発展に伴ってタンパク質や核酸、およびその複合体の立体構造データが急速に集まりつつあります。さらには、網羅的な遺伝子発現解析(トランスクリプトーム解析)やタンパク質の定量化(プロテオーム解析)が現実のものとなってきています。これらの実験から産み出される大量のデータを分析し、有用な知識として昇華させるには計算機を用いた情報処理が不可欠です。

生命情報学講座では、ゲノム、遺伝子、およびその産物であるRNA やタンパク質の配列、構造、機能、進化の間の関係を明らかにすることを目標とし、生命科学と情報科学を融合した生命情報学(バイオインフォマティクス)の様々な理論・技術を駆使して、数理モデル、アルゴリズム、およびソフトウェアなどの研究開発を進めています。当研究室で行っている主な研究内容は"研究紹介"を参照してください。

バイオインフォマティクスは学際的研究領域です。そのため、生物学、物理学、化学などの基礎的知識と、アルゴリズム理論、数理モデル、学習理論など情報学に関する幅広い素養を持つことが望まれます。生命情報学講座ではそのような人材の教育・養成にも取り組んでいます。修士課程としての入学や研究室見学希望などがありましたら、気軽にご連絡ください。また、"生命情報学講座を志望される方へ"も参考にしてください。


遺伝子発見

Gene finding

HAL Similarity based method,
ab initio method,
Comparative method

配列アラインメント

Sequence alignment

Cgaln Dynamic programming, Smith-Waterman-Gotoh algorithm, Space-efficient and accurate method

遺伝子制御機構

Gene regulatory mechanism

transcription Equiprobable Gray code, Log-linear graphical model, Hidden markov model

選択的スプライシング

Alternative splicing and Alternative transcriptional initiation

AS Spliced alignment,
Support vector machine

ゲノムづくし

Genome-scale visualization of DNA oligomer frequency

ゲノムづくし Paper craft of polyhedra based on Gray-coded DNA oligomers

その他

Other research interests

Long-range correlation of genome sequences, microRNA target prediction, Inferring gene network, Modeling for circadian rhythm, Genome annotation, Analysis of Cytochrome P450, Alignment of RNA structures, etc.