矢田 哲士 助教授

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オフィス：工学部10号館1階101号室

平成16年6月現在

• 研究テーマ
  
  • バイオインフォマティクス, ゲノム情報科学
    • 機械学習アルゴリズムによる生物配列データからの情報抽出研究
    • 確率文法の枠組みを導入した配列情報のモデル化研究
    • 配列情報の表現モデルによる未知の生物配列データからの情報発見研究 (ゲノム配列からの遺伝子発見や遺伝子の発現条件の推定など)

• 最近の主要論文・著書
  
  • T. Ota, Y. Suzuki, T. Nishikawa, et al.
    Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs.
    Nat. Genet., 36:40-45, 2004.
  • T. Yada, Y. Totoki, Y. Takaeda, Y. Sakaki, and T. Takagi.
    DIGIT: a novel gene finding program by combining gene-finders.
    Proc. of Pacific Sympo. on Biocomputing '03, pages 375-387, 2003.
  • K. Ohshima, M. Hattori, T. Yada, T. Gojobori, Y. Sakaki, and N. Okada.
    Wholegenome screening indicates a possible burst of formation of processed pseudogenes and alu repeats by particular L1 subfamilies in ancestral primates.
    Genome Biol., 4:R74, 2003.
  • H. Noguchi, T. Yada, and Y. Sakaki.
    A novel index which precisely derives protein coding regions from cross-species genome alignments.
    In Proc. of Genome Informatics Workshop 2002, pages 183-191, 2002.
  • Y. Watanabe, A. Fujiyama, Y. Ichiba, M. Hattori, T. Yada, Y. Sakaki, and T. Ikemura.
    Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q: disease-related genes in timingswitch regions.
    Human Molecular Genetics, 11:13-21, 2002.
  • T. Yada, Y. Totoki, T. Takagi, and K. Nakai.
    A novel bacterial gene-finding system with improved accuracy in locating start codons.
    DNA Res., 8:97-106, 2001.
  • F. Miura, T. Yada, K. Nakai, Y. Sakaki, and T. Ito.
    Differential display analysis of mutants for the transcription factor pdr1p regulating multidrug resistance in the budding yeast.
    FEBS Letters, 505:103-108, 2001.
  • International Human Genome Sequencing Consortium.
    Initial sequencing and analysis of the human genome.
    Nature, 409:860-921, 2001.
  • The International Human Genome Mapping Consortium.
    A physical map of the human genome.
    Nature, 409:934-941, 2001.
  • The Chromosome 21 Mapping and Sequencing Consortium.
    The DNA sequence of human chromosome 21.
    Nature, 405:311-319, 2000.
  • T. Yada, M. Nakao, Y. Totoki, and K. Nakai.
    Modeling and predicting transcriptional units of E.coli genes using HMM.
    Bioinformatics, 15:987-993, 1999.
  • 矢田哲士, 十時泰, 浅井潔, 石川幹人.
    DNA 配列の複合モチーフを表現する隠れマルコフモデルの生成.
    情報処理学会論文誌, 40:750-767, 1999.
  • T. Yada, Y. Totoki, M. Ishikawa, K. Asai, and K. Nakai.
    Automatic extraction of motifs represented in the hidden Markov model from a number of DNA sequences.
    Bioinformatics, 14:317-325, 1998.
  • K. Asai, K. Itoh, Ueno Y., and T. Yada.
    Recongition of human genes by stochastic parsing.
    In Proc. of Pacific Sympo. on Biocomputing '98, pages 228-239, 1998.
  • T. Yada, Y. Totoki, T. Ishii, and K. Nakai.
    Functional prediction of Bacillus genes using hidden Markov model.
    In Proc. of the 5th Int. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology, pages 354-357, Menlo Park, CA, 1997. AAAI Press.
  • T. Yada, T. Sazuka, and M. Hirosawa.
    Analysis of sequence patterns surrounding the translation initiation sites on cyanobacterium genome by using hidden Markov model.
    DNA Res., 4:1-7, 1997.
  • M. Hirosawa, T. Sazuka, and T. Yada.
    Prediction of translation initiation sites on the genome of Synechocystis sp. strain PCC6803 by hidden Markov model.
    DNA Res., 4:179-184, 1997.
  • K. Asai, Y. Ueno, K. Itoh, and T. Yada.
    Automatic gene recognition without using training data.
    In Proc. of Genome Informatics Workshop VIII, pages 15-24, 1997.
  • 矢田哲士, 石川幹人, 田中秀俊, 浅井潔.
    隠れマルコフモデルと遺伝的アルゴリズムによるDNA配列のシグナルパターン抽 出.
    情報処理学会論文誌, 37:1117-1129,1996.
  • T. Yada and M. Hirosawa.
    Gene recognition in cyanobacterium genomic sequence data using the hidden Markov model.
    In Proc. of the 4th Int. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology, pages 252-260, Menlo Park, CA, 1996. AAAI Press.
  • T. Yada and M. Hirosawa.
    Detection of short protein coding regions within cyanobacterium genome: Application of the hidden Markov model.
    DNA Res., 3:355-361, 1996.
  • T. Yada, M. Ishikawa, H. Tanaka, and K. Asai.
    Extraction of hidden Markov model representations of signal patterns in DNA sequences.
    In Proc. of Pacific Sympo. on Biocomputing '96, pages 686-696, Singapore, 1996. World Science.
  • K. Asai, T. Yada, and K. Itoh.
    Finding genes by hidden Markov models with a protein motif dictionary.
    In Proc. of Genome Informatics Workshop VII, pages 88-97, 1996.
  • T. Yada, M. Ishikawa, Y. Totoki, and K. Okubo.
    Statistical analysis of human DNA sequences in the vicinity of poly(a) signal.
    In Proc. of the 3rd Int. Conf. on Bioinformatics and Genome Research, pages 499-509, Singapore, 1994. World Science.
  • 矢田哲士.
    配列解析概論.
    東京大学生物情報科学学部教育特別プログラムバイオインフォマティクス概論. 羊土社, 印刷中.
  • 中井謙太, 矢田哲士.
    シグナル同定、遺伝子同定技術,
    pages 50-84. 生物情報工学の基礎. 東京化学同人, 2003.
  • 矢田哲士.
    ゲノム配列から遺伝子を発見する,
    pages 85-91. あなたにも役立つバイオインフォマティクス. 共立出版, 2002.
  • 阿久津達也, 浅井潔, 矢田哲士.
    バイオインフォマティクス: 確率モデルによる遺伝子配列解析.
    医学出版, 2001.
  • 矢田哲士, 浅井潔.
    DNA 配列のシグナルパターン抽出問題に対する遺伝的アルゴリズムの応用,
    遺伝的アルゴリズム3, pages 187-217. 産業図書, 1997.

• 研究助成（平成10年度以降）
  
  • 科研費特定領域研究(C)(2), 情報表現モデルによるゲノム配列情報のモデ ル化と予測, 代表者, 平成12年度〜16年度
  • JSTバイオインフォマティクス推進事業, ヒト遺伝子の転写・発現の多様性 解明を目指した基盤データベースの開発, 代表者, 平成12年度〜16年度
  • JSTバイオインフォマティクス推進事業, ヒトゲノムにおける広義の遺伝子 発見研究, 代表者, 平成16年度〜18年度

• 学位
  東京大学博士(理学)

• 所属学会
  日本バイオインフォマティクス学会, 日本生物物理学会, 日本分子生物学会, 国 際計算生物学会(ISCB)

教育活動

• 担当授業科目(大学院)
  生命情報学基礎論

• 集中講義
  東京大学, 筑波大学

• 学会活動
  
  • 日本バイオインフォマティクス学会幹事・評議委員(平成14年〜15年)
  • 日本生物物理学会誌編集委員(平成15年〜16年)

• リンク
  
  • 生命情報学講座のホームページ

  • 知能情報学専攻のホームページ

  • 東京大学生物情報科学学部教育特別プログラム(非常勤講師)のホームページ

  • 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター(客員研究員)のホームページ