後藤　修 教授

京都大学大学院情報学研究科
知能情報学専攻
〒606-8501 京都市左京区吉田本町

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平成24年1月現在

研究活動

• 研究テーマ
• バイオインフォマティクス、ゲノム情報学
• ゲノム配列比較、比較ゲノム
• 真核生物の遺伝子予測
• 多重配列アラインメント
• 選択的スプライシング・選択的転写開始の解析
• 遺伝子構造の進化
• 生物物理学 、生化学、分子生物学
• チトクロームP450超遺伝子族の機能・構造・進化解析
• 遺伝子発現プロファイルに基づく腫瘍分類
• 転写因子と制御領域の配列解析
• DNA二重らせんの熱安定性
• 最近の主要論文・著書
• Ichinose, N., Yada, T., Gotoh, O.
  A large-scale motif discovery using a DNA Gray code and equiprobable oligomers
  Bioinformatics, 28, 25-31 (2012).
• Iwata, H. and Gotoh, O.
  Comparative analysis of information contents relevant to recognition of introns in many species
  BMC Genomics, 12, 45 (2011).
• 後藤　修
  「バイオインフォマティクス」（翻訳）シュプリンガー・ジャパン（原著：A. Polanski and M. Kimmel, Bioinformatics, Springer-Verlag Berlin Hidelberg, 2007）
• Nakato, R. and Gotoh, O.,
  Cgaln: fast and space-efficient whole-genome alignment
  BMC Bioinformatics, 11, 224 (2010).
• Wang, X. and Gotoh, O.,
  Inference of cancer-specific gene regulatory networks using soft computing rules
  Gene Reg. Sys. Biol., 4, 19-34 (2010).
• Wang, X. and Gotoh, O.,
  A robust gene selection methods for microarray-based cancer classification,
  Cancer Informatics, 9, 15-30 (2010).
• Wang, X. and Gotoh, O.,
  Microarray-based Cancer Prediction Using Soft Computing Approach,
  Cancer Informatics, 7, 123-139 (2009).
• Wang, X. and Gotoh, O.,
  Accurate Molecular Classification of Cancer Using Simple Rules,
  BMC Medical Genomics, 2, 64 (2009).
• Ohnuma, S., Miura, K., Horii, A., et al.,
  Cancer-associated splicing variants of the CDCA1 and MSMB genes expressed in cancer cell lines and surgically resected gastric cancer tissues,
  Surgery, 145, 57-68 (2009).
• 後藤修,
  P450遺伝子の構造,
  「P450の分子生物学　第２版」（大村恒雄、石村巽、藤井義明 編集）、84-96、講談社 (2009).
• 北島正人、後藤修,
  P450についての研究資料のデータベース検索,
  「P450の分子生物学　第２版」（大村恒雄、石村巽、藤井義明 編集）、275-280、講談社 (2009).
• Ichinose, N., Yada, T., Gotoh, O., and Aihara, K.,
  Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks,
  J. Theor. Biol., 255 378-386 (2008).
• Gotoh, O.,
  Direct mapping and alignment of protein sequences onto genomic sequence,
  Bioinformatics, 24, 2438-244 (2008).
• Gotoh, O.,
  A space-efficient and accurate method for mapping and aligning cDNA sequences onto genomic sequence,
  Nucleic Acid Res., 36 (8), 2630-2638 (2008).
• Yamada, S., Gotoh, O., Yamana, H.,
  Improvement in speed and accuracy of multiple sequence alignment program PRIME,
  Inform. Media Tech., 4, 317-327 (2009).
• Nakato, R. and Gotoh, O.,
  A novel method for reducing computational complexity of whole genome sequence alignment,
  in Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference, Kyoto, p.101-110 (2008).
• 後藤修、市瀬夏洋,
  ゲノム配列のマルチプルアラインメント,
  実験医学 26, 77-83 (2008).
• Yamada, S., Gotoh, O., Yamana, H.,
  Improvement in accuracy of multiple sequence alignment using novel group-to-group sequence alignment algorithm with piecewise linear gap cost
  BMC Bioinformatics, 7, 524 (2006).
• Nagasaki, H, Arita, M., Nishizawa, T., Suwa, M., and Gotoh, O.,
  Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of a visual database of the classified patterns,
  Bioinformatics, 22, 1211-1216 (2006).
• Machida, M., Asai, K., Sano, M., et al.
  Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae,
  Nature 438, 1157-1161 (2005).
• Gotoh, O., Yamada, S., and Yada, T.,
  Multiple Sequence Alignment,
  Handbook on Computational Molecular Biology, (Aluru, S. ed.), Chapman & Hall/CRC Computer and Information Science Series, Vol. 9, pp. 3.1-3.36 (2006).
• Nagasaki, H, Arita, M., Nishizawa, T., Suwa, M., and Gotoh, O.
  Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes,
  Gene, 364, 53-62 (2005).
• 後藤修,
  ゲノムDNA,
  パリティ 20, 17-18 (2005).
• 矢田哲士、後藤修,
  比較ゲノムを支える情報科学: ゲノム比較時代の配列比較技術,
  細胞工学 24, 865-869 (2005).
• 後藤修、長崎英樹,
  選択的スプライシング・選択的転写開始の解析,
  J. Animal Genet., 32, 39-46 (2005).
• Sogawa, K., Numayama-Tsuruta, K., Takahashi, T., Matsushita, N., Miura, C., Nikawa, J., Gotoh, O., Kikuchi, Y., Fujii-Kuriyama, Y.,
  A novel induction mechanism of the rat CYP1A2 gene mediated by Ah receptor-Arnt heterodimer,
  Biochem. Biophys. Res. Commun. 318, 746-755 (2004).
• 後藤修,
  多重配列アラインメント,
  「バイオインフォマティクス、第２版」（岡崎康司・坊農秀雄、監訳）、メディカル・サイエンス・インターナショナル。（原著： David W. Mount (2004) Bioinformatics, Sequence and Genome Analysis, 2nd edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press）(2005).
• 後藤修,
  アラインメント, 隠れマルコフモデル,
  「物理学辞典（三訂版）」（物理学辞典編集委員会）、36, 368、培風館 (2005).
• 後藤修,
  アラインメント,
  人工知能学事典（人工知能学会）、813、共立出版、(2005).
• Kawana, K., Ikuta, T., Kobayashi, Y., Gotoh, O., Takeda, K., Kawajiri, K.,
  Molecular mechanism of nuclear translocation of an orphan nuclear receptor SXR,
  Mol. Pharmacol., 63, 524-531 (2003).
• Ida-Hosonuma, M., Sasaki, Y., Toyoda, H., Nomoto, A., Gotoh, O., Yonekawa, H., Koike, S.,
  Host range of poliovirus is restricted to simians because of a rapid sequence change of the poliovirus receptor gene during evolution,
  Arch. Virol. 148, 29-44 (2003).
• 後藤修,
  多重配列アラインメント,
  「バイオインフォマティクス」（岡崎康司・坊農秀雄、監訳）、メディカル・サイエンス・インターナショナル。（原著： David W. Mount (2001) Bioinformatics, Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press） (2002).
• 後藤修,
  ゲノム、蛋白質配列の比較情報解析,
  産総研シリーズ、ポストゲノム、−ライフサイエンス最前線−（独立行政法人　産業技術総合研究所、生物情報解析センター・生命情報科学研究センター　編） 155-166、丸善 (2002).
• 後藤修,
  配列のホモロジーと統計情報を併用した真核生物遺伝子構造の予測,
  統計数理　50、3-15 (2002).
• Gotoh, O.,
  Homology-based gene structure prediction: simplified matching algorithm using a translated colon (ton) and improved accuracy by allowing for long gaps,
  Bioinformatics, 16, 190-202 (2000).
• Aoyama, Y., Kudo, M., Asai, K., Okonogi, K., Horiuchi, T., Gotoh, O., Yoshida, Y.,
  Emergence of fluconazole-resistant sterol 14-demethylase P450 (CYP51) in Candida albicans is a model demonstrating the diversification mechanism of P450.
  Arch. Biochem. Biophys., 379, 170-171 (2000).
• Yoshida, Y., Aoyama, Y., Noshiro, M., and Gotoh, O.,
  Sterol 14-Demethylase P450 (CYP51) provides a breakthrough for the discussion on the evolution of cytochrome P450 gene superfamily,
  Biochem. Biophys. Res. Commun. 273, 799-804 (2000).
• Kimura, R., Yoshii, H., Nomura, M., Kotomura, N., Mukai, T., Ishihara, S., Ohba, K., Yanase, T., Gotoh, O., Nawata, H., Morohashi, K.,
  Identification of novel first exons in Ad4BP/SF-1 (NR5A1) gene and their tissue- and species-specific usage,
  Biochem Biophys Res Commun. 278, 63-71 (2000).
• Teramoto, M., Nakamatsu, K., Noshiro, M., Matsuda, Y., Gotoh, O., Shen, M., Tsutsumi, S., Kawamoto, T., Iwamoto, Y., Kato, Y.,
  Gene structure and chromosomal location of a human bHLH transcriptional factor DEC1・Stra13・SHARP-2/BHLHB2.
  J. Biochem. 129, 391-396 (2000).
• 吉田雄三、後藤修、今井嘉朗,
  Ｐ４５０モノオキシゲナーゼ,
  廣川タンパク質化学　４巻、オキシドレダクターゼ（野崎光洋、折井豊、指吸俊次　編）　257-290. 廣川書店 (2000).
• Gotoh, O.,
  Multiple sequence alignment: algorithms and applications,
  Adv. Biophys. 36, 159-206 (1999).
• 研究助成（平成10年度以降）
• 科研費基盤 (A)(2)，分子系統学のためのソフトウェアの開発，分担者，平成１２年〜１３年
• 科研費特定領域 (C)(2)，真核生物の比較ゲノム解析，代表者，平成１２年
• 科研費特定領域 (C)(2)，ゲノム統合データベースからの知識発見，分担者，平成１３〜１４年
• 科研費特定領域 (C)(2)，ゲノム配列・遺伝子発現・細胞画像を高速かつ高精度に分析するソフトウェアの研究，分担者，平成１５〜１６年
• JSTバイオインフォマティクス推進事業，ヒト遺伝子の転写・発現の多様性解明を目指した基盤データベースの開発，分担者，平成１３年〜１８年
• 科研費特定領域 比較ゲノム，多重ゲノム配列アラインメントに基づく機能情報の抽出、代表者、平成１８年〜２１年
• 科研費基盤B 大量シークエンス時代に向けた新規配列比較法の開発　平成２２年〜
• 学位
  理学博士(東京大学)
• 所属学会
  日本バイオインフォマティクス学会，日本生物物理学会，日本生化学会，国際計算機生物学会

教育活動

• 担当授業科目(大学院)
  生命情報学基礎論
• 担当授業科目(学部、全学共通)
  生命と情報、バイオインフォマティクス入門、バイオインフォマティクス入門ゼミナール、
• 集中講義
  埼玉大学，長岡技術科学大学，東京大学，山口大学，東北大学，大阪府立大学

その他の活動

• 学会活動
• 日本バイオインフォマティクス学会評議委員（平成１４年〜１５年）
• 日本バイオインフォマティクス学会評議委員（平成１９年〜２０年）
• 日本バイオインフォマティクス学会会長（平成２０年〜２１年）
• 学内委員
• 人権委員会委員
• 社会活動

リンク

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